Die Phylogenie ist ein Modell der Beziehungen zwischen Organismen, Genen, Proteinen und anderen Strukturen, das auf gemeinsamer Abstammung beruht. Sie wird auch für epidemiologische Untersuchungen und Analysen der parallelen Evolution zwischen Wirt und Parasit verwendet. Phylogenetische Bäume können als Dendrogramme oder als radiale Bäume visualisiert werden. Die wichtigste Information, die aus einem phylogenetischen Baum gelesen werden kann, ist die Lage der verschiedenen monophyletischen Gruppen. Die Haupttypen von Modellparametern, die zum Erstellen eines Baums aus einem gegebenen Datensatz benötigt werden, sind die Baumform und die Substitutionsmatrix. Eine der vier Arten von phylogenetischen Methoden (Maximum Parsimony, Neighbor Joining, Maximum Likelihood und MrBayes) kann dann verwendet werden, um den Baum zu konstruieren. Die Stärke der Bäume kann durch Bootstrap-Analyse bewertet werden. Die wichtigsten Datenformate, die als Eingabe für phylogenetische Programme verwendet werden, werden ebenso vorgestellt wie die wichtigsten Programmpakete. Schließlich wird der Leser angeleitet, selbst einen Neighbor-Joining-Baum zu erstellen.