Quantitative Vergleiche von Sequenzen können paarweise durchgeführt werden, indem zwei Sequenzen auf der Grundlage von Überlegungen zu Lücken, die Einfügungen oder Löschungen darstellen, und Übereinstimmungen zwischen Nukleotiden und Aminosäuren ausgerichtet werden. Paarweise Vergleiche können als globale Ausrichtungen durchgeführt werden, wenn bekannt ist, dass die Sequenzen in ihrer vollen Länge homolog sind, oder als lokale Ausrichtungen, wenn bekannt ist, dass eine Sequenz kürzer ist als die andere. Die dynamischen Programmieralgorithmen zum Erstellen globaler und lokaler Ausrichtungen werden detailliert beschrieben und relevante Computerprogramme vorgeschlagen. Die verschiedenen Strategien hinter mehrfachen Ausrichtungen werden beschrieben, einschließlich relevanter Computerprogramme. Das Suchprogramm BLAST wird ausführlich vorgestellt und verschiedene Anwendungen beschrieben.