Der Grund, prokaryotische Populationen zu untersuchen, wird mit Schwerpunkt auf die populationsgenetischen Mechanismen eingeführt, die für die Bildung und Erhaltung von Populationen verantwortlich sind. Die Multilocus-Sequenztypisierung revolutionierte die molekulare Typisierung, indem sie Informationen lieferte, die zwischen verschiedenen Labors verglichen werden konnten und die in gut gepflegten Datenbanken auf Servern über das Internet analysiert werden konnten. Der Erfolg von MLST hat sich auf der Grundlage der Analyse der gesamten genomischen Sequenz fortgesetzt, wobei die genetischen Informationen, die analysiert werden, mit Hunderten von Genen für wgMLST erweitert wurden. Die andere Verwendung von ganzen genomischen Sequenzen für die Typisierung ist die Analyse von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNP), bei der die Reads aus der Hochdurchsatz-Sequenzierung mit einer Referenzsequenz verglichen werden, um einen sehr detaillierten Vergleich auf Einzelnukleotidebene zu ermöglichen, um einzelne Stämme zurückzuverfolgen. Für bestimmte, hauptsächlich humanpathogene Bakterien wie Escherichia coli und Salmonella enterica ist eine organismusspezifische Vorhersage in Datenbanken auf dedizierten Servern verfügbar, bei der Serotyp, antimikrobielles Resistenzprofil und wgMLST auf der Grundlage der über das Internet hochgeladenen gesamten genomischen Sequenz vorhergesagt werden können.